外源性抗原與APC（抗原提呈細胞）結合、內化，形成內體，在內體或溶酶體中，抗原被蛋白酶降解成多肽，少部分多肽與MHC分子結合，形成抗原肽-MHC分子復合物，其中降解成的多肽即為抗原肽。

　　抗原肽一般指具有免疫原性的多肽或抗原衍生肽。內源性抗原（肽）和外源性抗原（肽）的區分是根據它們在進入加工途徑前所處的位置，即位于細胞內還位于細胞外來確定的。任何抗原，無論是自己的，還是非已的，如在胞質內加工，都稱為內源性抗原，而進入內體加工的都稱為外源性抗原。因此，自身的蛋白質，如可溶性MHC分子，或細胞膜結合的蛋白質分子，如被APC攝入后進入內體加工，則雖然為自身蛋白，也稱為外源性抗原，反之，在宿主細胞中復制的病毒、在宿主細胞中產生的病毒蛋白和胞內感染的病原體等雖屬非自身蛋白，但由于存在于胞質內，也稱為內源性抗原。外源性抗原和內源性抗原在細胞內加工的部位，所結合的MHC種類以及與MHC分子發生結合的區室是截然不同的，加工過程中涉及的酶、細胞內轉運過程中所需要的信號或伴隨蛋白等也是不同的。

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